تجري أحداث لعبة Alien Quarantine على أراضي مختبر سري حيث يتم إجراء التجارب على المخلوقات الفضائية التي تم أسرها. تمكن أحد الأجانب من التحرر، وأطلق سراح الآخرين وبدأت الفوضى الحقيقية في المختبر. يتم إرسال بطل لعبة Alien Quarantine للاستطلاع، لكنه يواجه عدوًا خطيرًا. يحتاج إلى استعادة النظام الأمني لمنع الوحوش من اقتحام القطاعات الأخرى. للقيام بذلك، تحتاج إلى تنشيط العديد من الأجهزة، والتحرك وإطلاق النار، وتفادي الهجمات الغريبة.
